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電源ＩＣは、基板の裏側へ付けます、クリアランスがほとんどないので、裏に出っ張るピンはギリギリでカットし、耐熱の絶縁テープを貼りました。
コンデンサも、背の低いものに交換します。
１階と２階の隙間は、１２ｍｍのスペーサーです。
コネクタは、９ピンで２か所と、２ピンで、１か所です。
２階の基板は、音響用の抵抗と、ＲＣＡジャック、リレーのみです。

無理やり感はありますが、納まるんですね。すごい！。

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こんな感じで、まぁギリギリです。ＲＣＡジャックの足は、短めにカットしてます。
上下の接続は、９ピンが２個と、２ピンが１個だけです。

　Trアレイのところを繋いでやれば良いんですけれど、足にコネクタをハンダ付けするのに何となく躊躇しますが。でも2階建てで入るとは思わなかった。
　電源ICの部分の部分ですが、2階のPt板を削って吹き抜けにする、っちゅうのは野蛮でしょうか。配線が切れちゃう？

Ｕ５の部分を切り欠くと、Ｕ４のＧＮＤピンが浮きます。
ですので、Ｃ２のー側か、もしくはＵ４の９番ピンを、Ｕ１の９番ピンとジャンパーすれば良いかと思います。

電源を５Ｖ入力にしてしまうという手法もありかと思います。
マイコンは、５Ｖを切ってしまっても動きます。
５Ｖを極端に割ると、液晶とかに問題が出ますが、現状の回路では。マイコン側にはダイオードで、片方向にだけ電流を流せるようにして、急峻なリレーのパルス電流で、電源電圧が下がっても、マイコンは動作を維持するようにしております。
ですので、三端子をバイパスさせるようにジャンパーかけて、入力を定電圧の５Ｖを入力すれば、可能ではと考えます。、

これを 使って外部から いじいじ したいのですが 今時・・・他で見つけたら 結構お高い(\3,000.-程)し ここの通販には出てこないし．
何か 手はありませんでしょうか？

http://blog.digit-parts.com/archives/51665461.html

ＤＩＰ３００ｍｉｌ？　ＤＩＰ６００ｍｉｌ？
それともＳＯＰ？
手持ちも、何種類かは持ってます。
秋月では、６００ｍｉｌの２８ピン、４０ピン

アイＴンドーとかでも少しは売っております。
http://www.aitendo.com/product/7311 SOP8
http://www.aitendo.com/product/7312　SOP16
http://www.aitendo.com/product/14967 DIP300mil8

この基板の U1,3,4に使いたいので 18Pinを３個 考えています．
　(18Pinは 形番表には 表示されていますが 検索でヒットしないですね)

これで リレーを 外から いじいじ しようと企んでいます．

ググッた処 洗濯ばさみで 8Pinの自作は見つけましたが
いまいち・・・(今市,日光の手前 [関東 以外では通じないみたいです])
の様で折れました．
シリアルで入れば 不要なんです けど・・・！
割り込み と 処理速度で難しそうなのでこれを考えました．

どうしても、外部から制御させたいのですね。
ＴＴＬレベルのシリアルで信号で、現状ではロータリーエンコーダーのＬＥＤ点灯に使っているポートが、マイコンの内蔵の通信ポートです。
ここを使ってならば可能です。
それでよければ、専用のソフトを作ります。

是非追加の制作会を.....